La Neo Geo Pocket Color, sortie en 1999, est une évolution immédiate de la Neo Geo Pocket avec l'ajout de la couleur sur son écran 2,7 pouces. Techniquement inférieure à la Game Boy Color, elle se démarque par son mini-joystick rotatif précis et un catalogue de qualité : SNK vs. Capcom: Match of the Millennium, The King of Fighters R-2, Metal Slug: 1st Mission.
Une liaison avec la Dreamcast de Sega permet des échanges de données avec certains jeux. Mais l'arrêt brutal de SNK en 2001 signe la fin de la console après seulement deux ans. La NGPC est aujourd'hui considérée comme l'une des meilleures consoles portables jamais produites pour son catalogue de combats.